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花了很久时间，终于搞定了IIS6和Tomcat的整合。现在把步骤贴出来给各位一点参考，也免去了新手在Google上暴走和一次次的调试。开始吧！
首先先说明我的系统，Windows 2003 Server中文版+IIS6+Tomcat5.0.14，JDK 1.4.2安装目录为C:\JDK,Tomcat安装目录为C:\Tomcat,环境变量JAVA_HOME和TOMCAT_HOME都已设置好并指向其各自的安装目录。(注意，接下来所有文件中涉及到tomcat路径的请自行修改为自己的Tomcat路径)
Tomcat5和IIS6的安装我就不说了，网上的文档很多，假定此时我们已经安装好了Tomcat5和IIS6并都能独立运行，两者的默认网站均指向C:\web目录。
现在我们要做的是到http://apache.linuxforum.net/dist/jakarta/tomcat-connectors/jk2/binaries/win32/jakarta-tomcat-connectors-jk2.0.2-win32-IIS.zip去下载JK2,由JK2负责IIS和Tomcat的通讯，解开后得到isapi_redirector2.dll，我把它放在了C:\tomcat\iis下（目录随便）。
接下来在Tomcat安装目录下的conf目录下建一个workers2.properties文件，把下面这段东东拷进去保存。注意file=".."之中的路径要用"/"哦！
[shm]
file=c:/Tomcat/logs/jk2.log
size=1048576
# 实际运用时把所有的localhost和8009换成你自己的IP和端口
[channel.socket:localhost:8009]
port=8009
host=localhost
# define the worker
[ajp13:localhost:8009]
channel=channel.socket:localhost:8009
# Uri mapping
[uri:/*.jsp]
[uri:/web/*]
worker=ajp13:localhost:8009
# define the worker
[status:status]
# Uri mapping
[uri:/jkstatus/*]
worker=status:status
之后编辑jk2.properties文件，确认其中是否有此一句：
request.tomcatAuthentication=false
接下来开始编辑注册表，直接建一个iis.reg文件，把下面一段拷进去保存然后双击iis.reg把信息导入注册表。(注意，把涉及的Tomcat路径改成你的Tomcat的路径)
Windows Registry Editor Version 5.00 （出处：CSDN）
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